Мерабішвілі народився 1968 року в районі Самцхе-Джавахеті на півдні Грузії. Закінчив гірничий факультет Грузинського технічного університету. У 1990-х працював науковим співробітником у декількох грузинських університетах і очолював неурядові організації.
Політичну кар’єру розпочала наприкінці 1990-х. 1999 року його обрали депутатом парламенту за списком партії “Союз громадян Грузії”, яку очолював тодішній президент Едуард Шеварднадзе. Коли був у партії, часто критикував політику глави держави. 2002 року приєднався до політсили Михайла Саакашвілі “Єдиний національний рух”, став генеральним секретарем партії.
Мерабішвілі був активним учасником Революції троянд. Після перемоги Саакашвілі на виборах президента 2004 року увійшов у його команду. У червні – грудні 2004 року був міністром державної безпеки Грузії, потім протягом семи з половиною років, із грудня 2004-го до липня 2012 року – міністром внутрішніх справ, у липні – жовтні 2012 року був прем’єр-міністром країни.
У травні 2013 року Мерабішвілі затримали. Його обвинуватили в перевищенні службових повноважень у справі про розгін акції протесту 26 травня 2011 року, у привласненні чужого майна та розтраті коштів МВС Грузії, у фальсифікації розслідування справи про вбивство співробітника “Об’єднаного банку Грузії” Сандро Гіргвліані, скоєне 2006 року, у підкупі виборців і побиття грузинського депутата Валерія Гелашвілі.
2014 року суд визнав Мерабішвілі винуватим за всіма статтями й засудив до шести років і дев’яти місяців в’язниці. У лютому 2020 року він вийшов на свободу. Увесь строк ув’язнення політик був в одиночній камері.