Венедиктов народився 1955 року в Москві. Після закінчення школи вступив на вечірнє відділення історичного факультету Московського педагогічного інституту, одночасно з навчанням працював листоношею. Після закінчення інституту 1978 року протягом 20 років викладав історію в московській загальноосвітній школі.
1990 року почав співпрацювати з радіостанцією “Эхо Москвы”. Спочатку працював на посаді оглядача преси та кореспондента, потім став політичним оглядачем, очолив інформаційну службу. 1998 року його обрали на посаду головного редактора радіостанції. Холдинг “Газпром-Медіа” є власником 66% акцій ЗАТ “Эхо Москвы”, решта – у міноритаріїв, зокрема у Венедиктова (за деякими даними, у нього 18% акцій).
Є далеким родичем російського музиканта Андрія Макаревича, вони називають себе троюрідними братами.
